Lone Larsen arbejder som overlæge og klinisk lektor på Afdeling for Medicinske Mave- og Tarmsygdomme på Aalborg Universitetshospital, hvor hun behandler patienter med inflammatoriske tarmsygdomme.

Hun er desuden formand for den nationale kvalitetsdatabase, DANIBD, partner i Grundforskningscenteret PREDICT, medlem af styregruppen for det årlige IBD netværksmøde under DSGHs IBD-interessegruppe og national ECCO repræsentant.